L’APTC a été créée en 1996 à la demande du Syndicat d’Élevage du Cheval comtois devenu depuis Association Nationale du Cheval de Trait Comtois (ANCTC).
Sa vocation première était d’organiser la Route des Vins et du Comté. Elle est depuis devenue la branche « utilisation, attelage » de l’ANCTC.